传说中，“魂斗罗”称号是赋予那些战斗英勇且素质非常优秀的勇士的。自从瓦尔塔和穆勒成功潜入敌人内部并将敌人基地一举摧毁后，地球获得了难得的和平，这两位英雄也因此获得了“魂斗罗”的美誉。此后十数年，地球上一直没有发生什么异样，直到这一天……
追求最强大力量的野心家艾托终于将他的机甲军团完全集合完毕。各种武装设备都是经过他自己精心研究而成，不仅威力巨大，而且具备了随机应变的能力!志在必得的艾托毫不犹豫地向萨斯城发动了攻击。当时正在萨斯城城郊隐居的瓦尔塔和穆勒闻讯立刻赶往战场，一场大战在所难免了，而这一次的敌人，似乎更加难以揣测!
一路过来，瓦尔塔和穆勒突然发现，这里的敌人似乎似曾相识!莫非这其中有什么隐情?又或者，当初已经被他们消灭的敌人又通过某种基因上的组合再一次复活了?而且这一台机器又是怎么回事呢——和以前的黑暗机器十分相似，但又多了点功能，似乎更加具有攻击性和防御性了。看来这个艾托博士不是个简单的任务，两位英雄决定继续深入一探究竟。
从目前得到的线索来看，艾托的阴谋绝对不仅仅是侵占一个城市那么简单。从萨斯城一直延伸出来，在米兰多火山下居然也发现了敌人的踪迹，而且数量和装备上丝毫不逊色于萨斯城的敌人，这到底是怎么回事呢?瓦尔塔和穆勒经过一番讨论，一致认定艾托一定会继续向其他地区扩展，因此决定加快灭敌的速度。
相对于在天空漂浮自如的敌人，瓦尔塔和穆勒确实是吃尽了亏，而且这个庞然大物也不只是做样子唬人，它的攻击手段也是一流，子弹满天飞，到处都危机四伏!瓦尔塔和穆勒决定分头进攻，一来分散它的注意力，二来找准机会，两个人同时击破一个点。剩下一个点时，两对一就好办了。不过，理论终归是理论，还是赶快去试试效果吧!
战斗还在继续，因为战场还在无限延伸着，《魂斗罗2013》中的每一个角落都充满了硝烟——而瓦尔塔和穆勒这两位英雄该怎么收拾这个局面，拯救人类于水火之中呢?我们拭目以待!
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