《封神无敌II》以中国古代著名的经典神话故事《封神演义》作为背景，除了以千年之前商朝与周朝两大阵营的战争而展开，同时还添加了丰富的阵营系统。
玩家进入游戏，在新手战场演示后，弹出阵营选择面板，选择自身所属的阵营。可选择加入系统默认提供的“商”、“周”两个系统阵营，也可以选择其他玩家已建立的。
同阵营之间无法发起战斗，但打劫战、竞技战、夺权战除外。
不同阵营间默认为敌对关系，可以发起攻城战、攻堡战、战略点争夺战、掠夺战、打劫战以及竞技战。
阵营结构：
玩家身份：
国王：阵营的首领。
城主：拥有城池/堡的阵营成员
平民：仅拥有阵营身份。
阵营改变：
国王：阵营的首领，拥有城池/堡。
退位：国王可以使用退位功能，使自己丢弃王位，回到城主身份。
禅让：国王可以使用禅让功能，使同阵营的其他城主成为国王，自身则回到城主身份。
任命：国王可以使用任命功能，使同阵营的平民成为城主。(该平民在此城拥有封地/行营。)
免职：国王可以使用免职功能，剥夺同阵营城主的职务，使其成为平民。
战争改变：国王直辖城被攻陷时，所在城阵营改变为攻击方阵营，国王身份被免除，变为平民身份，在该城池的封地/行营被收回。
城主：阵营的重要成员，拥有城池/堡。
退位：城主可以使用退位功能，使自己丢弃城主身份，回到平民身份。
称王：城主可以使用称王功能，使自己为阵营国王。
独立：城主可以使用独立功能，创建新的阵营，并成为该阵营的国王。
归顺：城主可以使用归顺功能，使自己成为其他已有阵营的城主。
战争改变：城主所在城被攻陷时，所在城阵营改变为攻击方阵营，城主身份被免除，变为平民身份，在该城的封地/行营被收回。
平民：阵营的基础成员。
夺权：平民可以使用夺权功能，发起夺权战，进攻自身封地/行营所在的城池/城堡，战斗胜利后自动成为该城城主，原城主降级为平民。
叛变：平民可以使用叛变功能，使自己成为其他已有阵营的平民。
战争改变：平民发起攻城战并攻陷敌对阵营城池/城堡时，如该平民封地/行营位置未满，则自动成为该城城主，并获得该城封地/行营。
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