鸿蒙之时，天地惟有一片混沌，古神盘古斩破混沌，开天辟地，化身万千。其“清气”上升为天，“浊气”沉降为地。其三元精、气、神分别化成三位大神：伏羲、神农、女娲，被称为“原始三皇”;其通身灵力散入世界，形成金木水火土五行本源;盘古之心悬于天地之间成为连接天地的纽带，并与 天界清气所钟之地连接，因清浊交汇而生“神树”，成为天界生命之源。而盘古一丝精魄则化为一本拥有开天辟地之能的奇书——轩辕天书
伏羲以神树果实创造神，神农以大地草木精魂创造兽，女娲以土、水混合，附以自身精血和灵气，依自己模样塑造，造出“人”。
三族即成，神追随三皇居于天，形成神界;人、兽则合居于大地，生息繁衍;鬼界为生灵轮回中转之地，聚天下灵魄。
数万年后，兽类出现一个具有强大力量与智慧的首领，自称蚩尤，蚩尤率领九黎部族挑起战争，意图独占天地。人类得神族援手，人皇黄帝仗轩辕神剑击败蚩尤大军。蚩尤拼尽余力，打开异界通道，将残部送达异界。蚩尤残部在异界逐渐修炼成魔，“魔界”也逐渐形成。而蚩尤本身被轩辕神剑斩下首级，虽有不灭魔体，但身躯和首级被神器镇压，难见天日。魔族之乱平息后，古神一族对魔界设下重重封印便匆匆离去。
大地之上，草兽通灵者偶尔修炼有成，化为妖，妖族大多拥有特殊能力，却也没有强占人间之意，群妖聚居后女娲大神为其开辟妖界，众妖于是世居于斯。
人类依靠远古神族遗留的残卷修炼成仙者，则飞升入天，自成仙界。
至此，天地六界渐成，九州安定。
无数岁月流转，人界修士渐成大小门派，正派之中蜀山、蓬莱、天机、昆仑、千佛脱颖而出，又分别对五行之力有自己的独到见解，于是被世人并称为正道五宗。
千年瞬转，轮回不息，魔族后裔九黎余孽邪心不死，卷土重来，以妖法妄图破开魔界封印，甚至寻回魔神残躯，令之复生。魔界封印一动，六界顿时大乱，九州土地之上妖人肆虐、凶兽横行，民不聊生。
昆仑三圣听得天人训言，得知这等乱相便是预示着千年轮回之劫将要来临，必须找到应劫之人，合正道之力，才能安渡。于是正道之间正式结成联盟，并且一边广招门徒，一边遍寻劫子。双管齐下，希望能够驱除魔族，度过劫难。
可是前潮不息，后浪又至，值此危急存亡之际，神秘天书也是重现世间。昔日古神伏羲参悟河洛天书，推演出先天八卦，得以一窥天道;更有传说河洛天书，生自混沌之时，其中奥妙无穷，甚至可以自成一界。此物一出，举世哗然，使得天意也显得浑蒙不清，充满了难以预测的变数，为本是群魔乱舞的世间再次增添了重重疑云。
五大门派，问鼎轩辕，一场上古神话由此拉开序幕!
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