《超时空舰队》的运输和其他游戏不同，除了领主占领的星球外，无法向其他星球运输资源，所以每一点的资源都异常的珍贵。
星际运输
当你拥有一个殖民星之后，就可以在殖民星和主星之间运输资源了。
在主功能按钮区点击“展开”按钮，就会弹出附加的功能区，然后点击【运输】按钮。
运输流程：
① 点击红框中的滑动块进行左右拖动，就可以将当前星球的资源配置到运输船中。
一次运输行动可以同时运输四种资源，只需分别拖动4次滑动块。
② 点击会出现一个下拉清单，可以把当前资源运送到选择好的目标星球。黄色为当前选择星球。
③ 点击这个下拉清单选择执行任务的指挥官。需要注意的是，当前星球必须有一个空闲中的指挥官，并且装配有指挥舰才能进行运输任务。
④ 以上三个步骤完成后，点击“计算运输费用”按钮，就会弹出进行本次运输所需要消耗的燃料量，如果运输过程中要跨越星门还需要支付跳跃星门的费用。
系统计算好运输燃料消耗资料之后，可以选择三种运输方式。
1.普通货船：这种货船速度较慢，但燃料消耗较少。
2.高速货船：这种货船速度较快，但燃料消耗较多。
3.空间传送：采用空间传送方式可以花费游戏金币，使资源瞬间运输到目标星球，且不产生燃料消耗。
选择好运输方式之后再点击“确定”就可以开始资源运输了。
※运输系统只能在玩家自己的任意二个星球之间进行输送，不能在不同玩家或者同一帝国成员之间进行运输。
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