《超时空舰队》的各星系、恒星、星球的场景具有丰富的变化，玩家在游戏中可以体验到不同星球的独特风格。
《超时空舰队》的地图系统一共分为三个层次，分别是「星域地图、星系地图、恒星地图」，可以点击下方3个按钮进行切换，点击【返回】按钮可以回到当前接管星球所在的恒星。地图中每一个星球都有一个独有的座标，分别为X、Y、Z，X表示星系的编号，Y表示恒星编号，Z表示恒星中的星球编号。
例如：某个星球座标为(1.29.1)就表示当前星球属于第1星系第29恒星内的第1星球
星域地图
上图为星域地图，整个星域一共分为14个星系，点击星系编号即可进入该星系。
星系地图
上图为星系地图，整个星系由数十个个恒星系组成，点击恒星编号即可进入该恒星地图。
恒星地图
这就是游戏过程中见得最多的恒星地图了，黄色发亮处并停靠了太空站的星球就是玩家当前所属
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