行星武器系统是《超时空舰队》的一大特色，玩家可以不必派出舰队也能给敌人以重创，突破了单一的兵种对抗的游戏模式。
制造行星武器
首先进入行星武器的建造介面，在主功能介面区点击【武器】按钮进入武器建造介面。
武器制造介面分二部分，
① 是一个可以转动的圆盘，点击黄色按钮可以转动圆盘，使指标指到其他的武器上，箭头所指行星武器处，会在②区域中显示相关信息。
② 区域中显示了该项武器的功能介绍，和当前太空站该项武器的库存量。点击左下方的按钮可以制造该项武器。
PS：行星武器制造采用排队机制，最大可以拥有5个排队数量，同时武器制造也有相应的等待时间。
1、恒星聚合器(无法制造)
《超时空舰队》的终极武器。点击发射按钮后，会从你的星球发射一枚恒星聚合器。之后经过三天时间的飞行时间，聚合器到达这个星系，启动恒星的核子反应制造出一场巨大的粒子风暴，能够摧毁该星系的所有太空站，使其设施全部降为1级。聚合器飞行到目标星球后需要三天时间才能发挥作用，不能自行生产，必须要到星盟商城购买。
●使用恒星聚合器需要研究科技【末日之光】
2、行星聚合器(无法制造)
行星聚合器可以对单一星球的太空站造成毁灭性打击，使其所有设施等级全部降为1级。聚合器飞行到目标星球后需要三天时间才能发挥作用，不能自行生产，必须要到星盟商城购买。
3、行星粒子炮
从当前接管的星球发射一束高能粒子流攻击一条直线，使直线上所有的星球、舰队都会受到伤害，威力远远强于光子鱼雷。
粒子炮不能使用道具冷却，必须间隔1小时才能再次使用。
●要生产粒子炮必须先研发科技【行星粒子炮】，升级这个科技也可以提高威力。
4、光子鱼雷
发射后，可使用导航图示引导鱼雷飞行路径，只要触碰到任何目标(包括我方的)，鱼雷就会爆炸并造成伤害。鱼雷攻击舰队时，会随机攻击敌方舰队中的其中一种舰船，根据科技【光子鱼雷】的等级直接消灭一定数量的舰船，无视舰船的等级和护盾!鱼雷发射后会朝著导航图示飞行，并且导航图示距离鱼雷越远鱼雷飞行得越快。
●生产光子鱼雷需要先研发科技【光子鱼雷】，并且之后每升一级都可以提高威力
5、深空探测仪
从当前我方的星球发出空间探测波，可以探测到恒星系内飞行中的舰队详细情况，以及当前星系内其他玩家飞行中的指挥官，并且可以干扰当前星系中所有正在侦查中的间谍卫星，烧毁卫星的晶片使其报废，包括自己的。
发射深空探测仪之后所产生的空间探测波，红色文字处为显示探测波效果持续时间，时间的长短依靠升级【空间探测技术】科技来决定，倒计时结束后持续效果也会自动消失。
●发射深空探测仪需要太空站设施【武器发射装置】1级
6、间谍卫星
发射一颗间谍卫星侦查目标星球，可以探测到目标太空站的信息。与其他进攻性武器不同，间谍卫星是一个辅助性质的装置。在恒星系介面中点击一个星球，在弹出框中点击【侦查】按钮，就可以向这个星球发射一枚间谍，卫星间谍卫星发射后有一段飞行时间，等到卫星就位后就可以点击【谍报】按钮，收到这个星球的太空站信息。
●生产间谍卫星需要研发科技【空间探测技术】，并且这个科技等级越高，谍报得到的信息就越详细。
7、行星防御平台
建造行星防御平台可以在太空站遭受攻击时进行自卫。只要太空站里生产出来就会自动发挥作用，不必手动放置。
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